Джанлука Капуано изучал орган, композицию и дирижирование в Миланской консерватории, после обучался старинной музыке в Scuola Civica в родном Милане. С отличием получил диплом в области теоретической философии в Миланском университете.

Выступал в качестве солиста и дирижера по всей Европе, в США, России и Японии. Сотрудничал с такими музыкантами, как Майкл Ченс, Эмма Киркби, Чечилия Бартоли, Макс Эмануэль Ценчич, Филипп Жарусски, Диего Фазолис и Лоренцо и Витторио Гиельми, а также многими ведущими оркестрами и хорами. В феврале 2019 года назначен главным дирижером ансамбля барочной музыки Les Musiciens du Prince-Monaco.

В 2005 году Капуано основал вокально-инструментальный ансамбль Il canto di Orfeo, с которым он исполнил целый ряд произведений барочной музыки. С этим ансамблем позже принял участие в исполнении «Собачьего сердца» Раскатова и «Солдатов» Циммермана в миланском Ла Скала.

Вслед за дирижерскими работами в «Артаксерксе» Винчи и «Лисиппе» Хассе для Кельнской оперы, «Орландо» для Дрезденской государственной оперы и «Роланде-паладине» для Цюрихской оперы, Капуано получил известность широкой публики, когда в последний момент заступил за дирижерский пульт в постановке «Нормы» с участием Чечилии Бартоли на открытии Эдинбургского фестиваля. Позже по приглашению Бартоли он также дирижировал постановкой «Золушки» в рамках европейского тура (вместе с оркестром Les Musiciens du Prince-Monaco). С этим же оркестром состоялся его дебют в Зальцбурге (постановка «Ариоданта» и концертное исполнение «Девы озера» в рамках Зальцбургского фестиваля на Святую Троицу 2017 года).

Недавние выступления дирижера также включают концертное исполнение «Катона в Утике» Вивальди, «Птицеловов» Глассмана и «Тайного брака» Чимарозы в Кельнской опере, моцартовские «Так поступают все» в Опере Ломбардии и «Идоменей» в рамках Флорентийского музыкального мая, «Милосердие Тита» в Карлсруэ, «Коронация Поппеи» в Нанте, «Пигмалион» Доницетти совместно с «Как оригинально!» Майра в рамках Оперного фестиваля Доницетти в Бергамо, «Метаморфозы Паскуале» Спонтини в венецианском Ла Фениче и «Мнимая садовница» Моцарта в Винтертуре.

В сезоне 2018/19 Капуано дирижировал такими постановками, как «Мнимая садовница» в Цюрихской опере, «Рождественская оратория» в Гамбургской государственной опере, «Ариодант» в Опере Монте-Карло, «Альцина» на Зальцбургском фестивале, «Орфей и Эвридика» в Римской опере, «Тайный брак» в Нидерландской национальной опере, а также «Вильгельм Телль» Россини в Монте-Карло и на Оперном фестивале «Хорегии Оранжа».

В числе последних проектов Капуано – «Севильский цирюльник» в Палермо, «Триумф Времени и Разочарования» в Кельне, «Золушка» и «Ифигения в Тавриде» в Цюрихе, «Альцина» на Глайндборнском фестивале, а также «Семела» и «Ариодант» в миланском Ла Скала.

В июле 2021 года с триумфом продирижировал премьерной серией спектаклей «Ариодант» в Большом театре (режиссер Дэвид Олден).

Джанлука Капуано регулярно концертирует c оркестром Флорентийского музыкального мая, миланским оркестром I Pomeriggi Musicali, Кильским филармоническим оркестром, Национальным оркестром Монпелье и «Кончерто Кельн».

В числе его недавних CD-записей – пластинка с участием Хавьера Камарены и оркестра Les Musiciens du Prince-Monaco, посвященная легендарному тенору Мануэлю Гарсиа.