После семейного ужина дедушка провожает троих внуков в детскую комнату, чтобы рассказать им сказку на ночь. Сегодня самое время для новой истории…

Глава 1. Спасение Тамино
В попытке бегства от дикого чудовища принц Тамино теряется в горах. Потеряв последние силы и надежду найти путь назад, принц падает без чувств. В последнюю минуту на помощь к нему приходят Три дамы, феи Царицы ночи.

Глава 2. Птицелов
Тамино приходит в себя. Первым, кого видит принц, оказывается птицелов Папагено; его он по ошибке и признаёт в качестве своего спасителя. Папагено решает воспользоваться замешательством принца и выдаёт себя за победителя чудовища. За такую наглую ложь Три дамы решают наказать Папагено, повесив ему на рот замок. Принцу же феи дарят портрет Памины, дочери Царицы ночи. Тамино мгновенно влюбляется в девушку с картины.

Глава 3. Царица Ночи
Появляется сама Царица Ночи. Она сокрушается по своей дочери, похищенной могущественным колдуном Зарастро. Царица просит Тамино спасти девушку. Три дамы освобождают Папагено от «кляпа» и приказывают ему сопровождать Тамино в походе против волшебника. Самому принцу феи дарят волшебную флейту, птицелов получает от них магический колокольчик, а помогать в пути им будут Три мальчика-пажа.

Глава 4. Принцесса Памина
Моностатос, прислужник Зарастро, всячески угнетает Памину, в очередной раз безуспешно пытавшуюся сбежать из плена. Папагено случайно наталкивается на них, и при помощи обмана ему удается отпугнуть Моностатоса. Памина узнаёт, что принц Тамино мчится к ней на спасение. Папагено тем не менее опечален тем, что его собственные мечты о любви так и не осуществились.

Глава 5. Три Двери, или Три Мудрых Мальчика
Три мальчика приводят Тамино к королевству Зарастро. Но врата, ведущие в королевство, наглухо заперты. Появляется помощник колдуна, который вступает в разговор с принцем. Тамино начинает сомневаться в правдивости рассказов Царицы ночи и в своих собственных намерениях. В надежде найти принцессу Памину, Тамино играет на волшебной флейте, как вдруг всё вокруг преображается, и звуки флейты долетают до Папагено и Памины. Но те не успевают спастись бегством и оказываются обнаружены Моностатосом и его солдатами. Только магический колокольчик Папагено удерживает преследователей.

Глава 6. Колдун
Появляется волшебник Зарастро в сопровождении своего приспешника. Моностатос приводит Тамино; принцу на мгновение удается увидеть Памину. Зарастро решает устроить для Тамино и Папагено целый ряд испытаний, цель которых – поколебать решительность намерений влюблённого принца и его спутника.

Глава 7. Первое Испытание – Молчание
Первая проверка принца и Папагено – испытание молчанием. Появившиеся внезапно Три дамы пытаются уговорить героев отказаться от опасной миссии, но Тамино легко противостоит речам фей, хотя Папагено быстро поддаётся и вступает с ними в разговор. Одновременно Моностатос подвергает преследованиям принцессу Памину. Появляется Царица ночи и приказывает своей дочери убить Зарастро.

Глава 8. Выбор Памины
Памина поставлена перед выбором: отомстить за Царицу ночи, или пойти против её воли, и тем самым навсегда потерять свою мать. К отчаявшейся принцессе является Зарастро и прекращает её терзания.

Глава 9. Второе Испытание – Стойкость
Тамино и Папагено предстоит второй испытание: им нельзя не только говорить, но и есть, и думать о любви. Тем не менее, у Папагено развязывается язык, и птицелов начинает болтать с древней колдуньей; как только бедняга понимает, что так он навсегда теряет шанс найти свою собственную Папагену, он замолкает. Три мальчика приносят героям волшебные флейту и колокольчик, а вместе с ними появляются роскошные яства. Но Тамино не притрагивается к еде. Вбегает прекрасная Памина, но даже это не заставляет принца говорить. Памина же думает, что её любовь потеряна навеки. Между тем Папагено снова не выдерживает и заговаривает со старой ведьмой, под маской которой скрывается его единственная и настоящая Папагена.

Глава 10. Отчаяние
Памина решает лишить себя жизни. Но Три мальчика сообщают ей, что Тамино всё ещё страстно её любит, и ведут принцессу к возлюбленному.

Глава 11. Последнее Испытание – Огонь и Вода
В тот момент, как слуги Зарастро указывают Тамино дорогу ко второму испытанию, появляется Памина, чтобы выдержать с возлюбленным последнее испытание – пройти сквозь огонь и воду. С помощью мелодий волшебной флейты и их любви друг другу они преодолевают испытание. Тем временем Папагено понимает, что жизнь в горьком одиночестве ему больше не нужна. Однако Три мальчика снова вмешиваются и напоминают Папагено про его магический колокольчик. Его волшебный звон возвращает птицелову Папагену. Вместе они мечтают о счастье и большой семье. Последняя попытка Царицы ночи при помощи Трёх дам и примкнувшего к ним Моностатоса свергнуть Зарастро проваливается. Волшебник Зарастро одерживает победу над силами тьмы.